Определение гомологичных участков и компьютерное моделирование вторичной структуры индивидуальных 2'-F-модифицированных РНК-аптамеров фракций I, II и III

Как известно, аптамеры связывают молекулы-мишени за счет своей особой пространственной структуры. Обычно участки аптамеров, отвечающие за связывание мишени, встречаются в большинстве полученных клонов и обладают сложной вторичной структурой (п. 1.4.). Определение гомологичных последовательностей в полученных 40N-участках ДНК-клонов проводили в программном пакете MEME version 4.3.0 как отдельно для клонов каждой фракции (рис. 24), так и для клонов всех фракций (рис. 25).

Фракция I Клон 1 CACGGTAGCGAGGTGCTCTCATTGGGAAGTTGGGTTGAGA

Клон 2 GCCACGGAGTTTAGGTTCCATGTTTCCGCTGTATGACGAT

Клон 3 GGCAGCACCCGAACGAGAGCGCGAGACTGAGGATTGCCCT

Клон 4 GCGGCAGGATCAGGAATTGATTAGAAGTTCTTACTCCGTT

Фракция II Клон 1 GCACGGGCAGGGGATACGAGTGACGTTGGCGTCAACACTA

Клон 2 CAGGGGAGAGGATAATGTTCAGCTAGACCGGGCTTCAATC

Клон 3 TGGGTAAACGAGGGTGGGGCAGAGATGTACTCAGAAAACA

Клон 4 CACGATAGTGGTGAGGCCGGGGCATGTGTGGGTATGCTTAA

Клон 5 CAGGGTGAACAAGGGTGGGGCAGAGATGTACTCAGAAAACA

Фракция III Клон 1 GGCATAATGAGCCACAGGTTGGAAGTATTGCTTCACTTGG

Клон 2 GCTCGAGCTAGGCTGTGCATTCGCAACCACTCACATCGAA

Клон 3 GGCACGCGGAAAGACGACGAGCCGTGGCATCGTAGCTCAA

Клон 4 GGGAGGGGAGTAGCTTTTCCGATGGAGACTGAATGCTCCA

Клон 5 GCGGGGGCCGCGGCAGGCATGAACGATGCAACTCATCAGA

Клон 6 CGGGTAAACAAGGGTGGGGCAGAGATGTACTCAGAAAACA

Рис. 24. Гомологичные последовательности 40N-участков ДНК-клонов фракций I, II и III, полученные в программном пакете MEME version 4.3.0 отдельно для каждой фракции.