Другим критическим моментом в процессе отбора как РНК- , так и ДНК-аптамеров является стадия разрушения комплекса с целью отделения олигонуклеотидов от молекулы мишени. Именно от нее зависит конечный результат всего эксперимента. Если условия отделения будут слишком “мягкими”, самые прочные комплексы аптамеров с молекулами-мишенями не разрушатся и последовательности с наибольшим сродством к мишени будут утеряны. В слишком “жестких” условиях есть вероятность разрушить молекулу-мишень или комбинаторную библиотеку.
Следует отметить важность чистоты и количества мишени. Если мишень содержит примеси, в ходе отбора могут быть также получены аптамеры на молекулы, не являющиеся мишенями. Малых количеств молекулы-мишени может быть недостаточно для того, чтобы все способные связаться с мишенью олигонуклеотиды образовали комплекс, что ведет к потере части аптамерных последовательностей. Слишком большие количества мишени на конечных этапах SELEX снижают селективность отбора, уменьшают конкуренцию между олигонуклеотидами за место связывания. Поэтому для получения аптамеров с высокой аффинностью и селективностью в каждом последующем раунде SELEX условия отбора ужесточают, проводя последовательное повышение отношения концентрации мишени к концентрации олигонуклеотидов от 1:10 до 1:100 Перейти на страницу: 1 2 3